網站結構包含：“物理結構”和“邏輯結構優化”兩部分
物理結構優化
網站物理結構指的是網站目錄及所包含文件所存儲的真實位置所表現出來的結構，物理結構一般包含兩種不同的表現形式：扁平式物理結構和樹形物理結構。
對于小型網站來說，所有網頁都存放在網站根目錄下，這種結構就是扁平式物理結構。采用扁平式物理結構的網站。
這種扁平式物理結構對搜索引擎而言是最為理想的，因為只要一次訪問即可遍歷所有頁面。但是，如果網站頁面比較多，太多的網頁文件都放在根目錄下的話，查找、維護起來就顯得相當麻煩，所以，扁平式物理結構一般適用于只有少量頁面的小型、微型站點。
對規模大一些的網站，往往需要二到三層甚至更多層級子目錄才能保證網頁的正常存儲，這種多層級目錄也叫做樹形物理結構：即根目錄下再細分成多個頻道或目錄，然后在每一個目錄下面再存儲屬于這個目錄的終極內容網頁。
采用樹形物理結構的好處是維護容易，但是搜索引擎的抓取將會顯得相對困難。互聯網上的網站，因為內容普遍比較豐富，所以大多都是采用樹形物理結構。
邏輯結構優化
與網站的物理結構不同，網站的邏輯結構也成為鏈接結構，主要是指有網頁內部鏈接所形成的邏輯結構，或者稱為鏈接結構。邏輯結構和物理結構的區別在于，邏輯結構由網站頁面的相互連接關系決定，而物理結構由網站頁面的物理存放地址決定。
在網站的邏輯結構中，通常采用“鏈接深度”來描述頁面之間的邏輯關系。“鏈接深度”指從源頁面到達目標頁面所經過的路徑數量，比如某網站的網頁A中，存在一個指向目標頁面B的鏈接，則從頁面A到頁面B的鏈接深度就是1。
和物理結構類似，網站的邏輯結構同樣可以分為扁平式和樹形兩種：
—扁平式邏輯結構：扁平式邏輯結構的網站，實際上就是網站中任意兩個頁面之間都可以相互連接，也就是說，網站中任意一個頁面都包含其他所有頁面的鏈接，網頁之間的鏈接深度都是1。網絡上，很少有單純采用扁平式邏輯結構作為整站結構的網站。
—樹形邏輯結構：是指用分類、頻道等頁面，對同類屬性的頁面進行鏈接地址組織的網站結構。在樹形邏輯結構網站中，鏈接深度大多大于1。

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